宋代以前孔氏宗族即有谱牒，靠抄写传世。宋朝元丰年间（1085年），孔子四十六代孙孔宪翰认为手抄本数量少，易于散失，于是创修族谱，刊装成帙，分藏于本族。此后各地支谱续修不断。历史上合族大修有五次，北宋元丰谱、明朝天启谱、清朝康熙谱、清朝乾隆谱和民国谱。

孔氏家谱中记载规约、族户、世系、继嗣、传记、文艺等多方面内容。《孔子世家谱》共分为四集。一集，以孔子为卷一，以孔仁玉(孔氏中兴祖)为卷二，孔氏六十户则自大宗次第为60卷，每户一卷(有的一卷又分几册)，共为62卷；二集则自孔仁玉以后流寓共为34卷，列入除六十户中兴祖流寓的孔裔；三集则自孔仁玉以前流寓共为十卷，每卷人数多少不等，列入中兴祖以前流裔的孔裔；四集则自上代失考者共为二卷，总共108卷。孔氏自唐朝后期就逐步开始使用统一的辈分。

明初建文帝赐孔氏八个辈字：公、彦、承、弘、闻、贞、尚、胤，供起名用。后因洪武元年五十六代孔希学及洪武十七年五十七代孔讷先后袭封衍圣公。这样就把“希”和“言”旁加上去为十个字，即：希、言、公、彦、承，弘、闻、贞、尚、胤。
　　明天启年间，由六十五代衍圣公孔胤植奏准，续：“兴毓传继广，昭宪庆繁祥”；清同治二年，七十五代衍圣公孔祥珂立十字：“令德维垂佑，钦绍念显扬”；民国八年，七十六代衍圣公孔令贻立二十个字：“建道敦安定，懋修肈彝常，裕文焕景瑞，永锡世绪昌”， 亦即第八十六代至一百零五代。到现在为止已知最小辈是“念”字辈。

《孔子世家谱》是目前世界上延续时间最长、制度上最完善、结构上最完整的一部氏族谱系。它历史渊源悠远，谱牒浩瀚庞大，管理体系严谨，记述系统完整，是古代谱牒的一种，它记述了孔氏家族始祖源起，受姓情况，对于研究家族，特别是人物、礼俗等均有重要意义。对于研究孔子年谱、孔子姓源考以及研究孔子的学术思想和生平事迹都具有重要的学术价值。